Podría ver este error al crear instancias de un PLL_RECONFIG Intel® FPGA IP en las versiones de software Quartus® II 13.0 SP1 y anteriores.
Agregue el siguiente parámetro en el archivo de configuración de Quartus II (.qsf) para su proyecto:
set_instance_assignment -name adv_netlist_opt_allowed "never allow" -to <name>
Aquí tiene un ejemplo:
set_instance_assignment -name ADV_NETLIST_OPT_ALLOWED "NEVER ALLOW" -to "qsys_pcie:u0|altera_pll_reconfig_top:pll_reconfig_0"
Este problema se corrigió en el software Quartus II v19.1.