Debido a un problema en la versión de software Quartus® II 13.0 SP1 y anteriores, en la utilidad Convertir archivo de programación, la opción Habilitar descompresión durante la reconfiguración parcial no se restaura cuando se abre el archivo de configuración de conversión (.cof).
Para solucionar el problema, active Habilitar descompresión durante la reconfiguración parcial en la ventana Propiedades de archivo SOF después de restaurar la configuración de .cof.
Este problema se ha solucionado a partir de la Intel® Quartus® versión 17.0 del software Prime Standard Edition.